ويمتد مسار المرحلة الثالثة بالمشروع، بطول 17.7 كم وتشتمل على 15 محطة من محطة العتبة حتى ميدان الكيت كات لتتفرع شمالًا إلى منطقة إمبابة وصولًا إلى الطريق الدائرى، وفرعة جنوبًا إلى المهندسين وبولاق الدكرور مارًا بشارعى وادى النيل وجامعة الدول العربية ثم تمتد إلى جامعة القاهرة.
يجرى تنفيذ هذه المرحلة على ثلاثة أجزاء، الجزء الأول بطول 4 كم، يمتد من العتبة حتى الكيت كات وتشتمل على (4) محطات نفقية، وهى ” ناصر – ماسبيرو – صفاء حجازى – الكيت كات”، وهو الجزء الذى تم تشغيله أمام حركة الركاب أكتوبر الماضى.
ويمتد الجزء الثاني بطول 6,6 كم من محطة الكيت كات حتى المحطة النهائية عند محـور روض الفرج، وتشمل على 6 محطات “محطة نفقية” ( السودان ) و4 محطات علوية ( إمبابة – البوهي – القومية العربية – الطريق الدائري) ومحطة سطحية ( المحطة النهائية عند محور روض الفرج ).
أما الجزء الثالث، فيمتد بطـول 7.1 كم من محطة الكيت كات حتى جامعة القاهـرة وتشمل 5 محطـات [3 محطـات نفقيـة (التوفيقية – وادي النيل – جامعة الـدول) ومحطـة علويـة (جامعـة القـاهـرة) ومحطـة سطحية (بولاق الدكرور).
